Für TYPO3 werden in regelmäßigen Abständen Sicherheitsberichte veröffentlicht. In Bezug auf das Grundsystem und Erweiterungen werden hier in den sog. "Security-Bulletins" Informationen zu aktuellen Sicherheitslücken aufgezeigt. In diesen Berichten können Anwender nachlesen, welches Sicherheitsproblem besteht und ob es sich z.B. um sicherheitskritische Lücken handelt und wie dieses Problem zu lösen ist.

Die große TYPO3 Community trägt in ganz erheblichem Maße dazu bei, dass Sicherheitslücken und Programmfehler (engl. Bugs) schnell gefunden und behoben werden. Oft vergehen nur Stunden nach Veröffentlichung einer Erweiterung bis Sicherheitslücken gefunden und schon wieder verschlossen sind.

Auch TYPO3 selbst bietet viele integrierte Sicherheitsoptionen. So kann z.B. der Zugriff auf das Verwaltungsbackend auf einen bestimmten IP-Adressbereich eingeschränkt werden, um beispielsweise nur internen Firmenmitarbeitern die Bearbeitung von Seiten und Seiteninhalten zu gestatten. Weiter kann sich jeder Backendbenutzer automatisch per Mail informieren lassen, wenn auf das Backend mit seinen Benutzerdaten zugegriffen wird.

Die Passwortübertragung und -speicherung erfolgt bei TYPO3 verschlüsselt. Mit Hilfe von validen SSL Zertifikaten kann zusätzlich der gesamte Datentransfer zwischen Webserver und Browser auf sicherem Wege erfolgen und somit die Übertragung von personenbezogenen Daten zu schützen. Auch sollte bei der Wahl des Webhosting Anbieters das Thema Sicherheit eine große Rolle spielen und z.B. der Einsatz aktueller Softwarekomponenten (Serverbetriebssysteme) gewährleistet sein.